GeoGebra har ulike vinduer, kalt felter. Dersom disse ikke dukker opp automatisk finner du dem under  Vis som i  Menyen. De viktigste feltene er som følger:

Algebrafeltet:

Brukes til å lagre uttrykk, funksjoner og verdier.Objekter som er lagret i CAS samles også opp her.

CAS (Computer Algebra System):

Brukes som en vanlig kalkulator: Til å løse algebraiske operasjoner, å løse likninger, faktorisere, derivere, integrere og å hente opp alle funksjoner og verdier du har lagret i Algebrafeltet.

Grafikkfeltet:

Brukes til å tegne grafer. Du kan lett endre navn, stil og layout på grafen. Dette gjør du ved å høyreklikke på grafen slik at Innstillingsvinduet dukker opp. Så klikker du på Egenskaper. Her kan du gjøre endringene du ønsker.

Regnearket:

Brukes til å lage lister, utføre regresjon og statistikk.

Sannsynlighetskalkulatoren :

Brukes til å regne sannsynligheter.

Verktøylinjene

Alle feltene i GeoGebra har sin egen liste med verktøy helt øverst i vinduet. Denne listen kalles Verktøylinjen (F) for det feltet. Hvis du klikker på et verktøy i Verktøylinjen, åpner du en verktøykasse. Verktøykassene er inndelt i kategorier, som f. eks. at den sjette kassen i Grafikkfeltet har verktøy for sirkler.

I denne Verktøylinjen finner du mange nyttige hjelpemidler. For å bruke Verktøylinjen trykker du på ikonet som passer til den operasjonen du vil utføre.

Kommandoer

GeoGebra har også verktøy i form av kommandoer. For å bruke en kommando, skriver du kommandoen inn i CAS. Flere av de vanligste kommandoene fungerer også i Algebrafeltet. Hvis du for eksempel ønsker å faktorisere tallet 15, kan du skrive inn kommandoen

i CAS, og så velge Faktoriser(<Tall>) fra listen med forslag. Erstatt <Tall>-feltet med 15 og trykk Enter. Da vil CAS gi svaret $3\cdot 5$.

Mange kommandoer har flere varianter som tar forskjellig inndata. Det finnes for eksempel to varianter av kommandoen Faktoriser: Faktoriser(<Tall>) og Faktoriser(<Polynom>). Hvis du setter inn et polynom i den første varianten, så blir ikke polynomet faktorisert! Det er derfor viktig å sørge for at du bruker riktig variant av kommandoen.

Lagring av objekter

Det å lagre et objekt (som f. eks. en funksjon eller en figur) i GeoGebra kalles å definere et objekt i GeoGebra.

Du kan definere funksjoner og variabler til å ha konkrete uttrykk og tallverdier i GeoGebra ved å taste <Variabelen> = <Tallverdien> i Algebrafeltet, ved å bruke én rad per objekt.

I CAS, blir ikke uttrykkene du taster inn automatisk lagret som i Algebrafeltet. For å lagre dem, må du bruke := i stedet for =. Dette kalles å definere noe i GeoGebra. Hvis du definerer funksjoner, må du også spesifisere variabelnavnet.